雅马哈在1998年推出了YZF—R1，重新设计了Genesis发动机，并通过提高变速器输入轴并允许变速器输出轴置于其下，制造了更紧凑的发动机这种堆叠式齿轮箱被其他制造商模仿压缩发动机使发动机更短，轴距更短这使得车架设计可以将发动机的重量放在车架上，以帮助处理，因为重心得到了优化后摇臂可以做得更长而不影响整体轴距，轴距只有1，385mm四个40毫米京滨CV化油器为发动机提供燃料它有KYB倒41毫米前叉和300毫米半浮动盘式制动器仪表板是电气的，带有自诊断系统和数字速度读数排气系统使用雅马哈排气极限功率阀来控制废气流量，以最大限度地提高发动机在所有速度下的发电能力这就产生了高功率和高扭矩的发动机雅马哈YZF—R6于1999年推出，是R1超级自行车的600 cc版本
1999年，除了绘画和制图之外，R1只有很小的变化更多的改进是重新设计换挡连杆，增加换挡轴的长度燃料箱的储备容量从5.5升增加到4.0升，而燃料箱的总容量保持不变，为18升
1998年YZF—R1摩托车消费者新闻测试显示，0到60英里/小时的时间为2.96秒，0到100英里/小时的时间为5.93秒，0到14英里的时间为10.19秒，速度为131.40英里/小时，最高速度为168英里/小时，减速度在1999年车型年，Cycle World test记录了从0到60英里/小时的3.0秒，从0到14英里/小时的10.31秒，139.55英里/小时，最高时速为170英里/小时。
2000年，雅马哈推出了一系列改进自行车的变化，并对车身进行了微小的改变，以允许更好的长期骑行操控雅马哈的主要设计目标是锐化现有的自行车，而不是重新设计它干重减少了五磅，为414磅
